我国是一个集装箱贸易的大国，航运业的发展促使了我国集装箱业务更大的发展，随着我国和WTO的紧密结合，国际贸易的发展，集装箱也起到了很大的作用。目前，全球的的航线上正在使用的集装箱达到2400万TEU，深圳市有我国大的集装箱码头群，蛇口、赤湾、玛湾、东胶头、福永等。目前已经投入港口建设资金超过300亿元。
截至2007年，共建成码头岸线25000米，拥有经营性泊位49个。集装箱货船专用泊位50个。经营性泊位92个，其中万吨级以上泊位3个。形成了年综合吞吐能力10692万TEU。其中集装箱吞吐能力912万标准箱（包含非专业集装箱码头能力）。2005年三大集装箱码头吞吐量分别为：盐田国际集装箱码头735万标准箱，同比增长17.5%；蛇口集装箱码头234.6万标准箱。同比增长14.2%，赤湾集装箱码头314万标准箱，同比增长17.4%。
